刚回到晓的大蛇丸，便遇到宇智波鼬来投奔晓，出于对宇智波一族血脉渴望，在宇智波鼬成为新成员之后，大蛇丸尾随其后，出手偷袭，没有成功结果被宇智波鼬的魔幻；枷杭之术定住了身躯无法动弹，不尸转生也失败了，并且在结印的时候被苦无切断了一只手。
被宇智波鼬打败后的大蛇丸叛逃出了晓，秘密地对写轮眼进行了研究，以及收集关于宇智波一族的资料，得知了万花筒现轮眼和永恒万花筒现轮眼的存在。
后来不是宇智波鼬对手的他便把目标放在了宇智波佐助身上，之后便有了《火影忍者》大蛇丸进攻木叶的这一段剧情剧情，只是他没有想到的是三代火影为了保护木叶，使用了尸鬼封印将他双手灵魂封印，不能结任何的印，就是因为这个原因，他的不尸转生被提前了没能等到佐助，转生在了幻幽丸身上，由于是临时选的人，灵魂也十分排斥，所以之后便一直出于虚弱状态。
但他还是很期待，因为他在佐助身上下了咒印，所以佐助一定会来找他，结果如他所愿，佐助来到了他身边，并且经过之前的一些测试，他发现了宇智波佐助只要培养得当，便会成为超越宇智波鼬的人才，只要自己不尸转生到他身上便能得到宇智波的血脉，也便能发挥出写轮眼的全部力量，当进化万花筒写轮眼的时候只要再将宇智波鼬杀死移植他的写轮眼便可以成就永恒万花筒写轮眼了。
还有一些记忆模糊不清，大蛇丸的目的以及大蛇丸的血脉，关于这些的记忆好像被人抹去一般，只留下空壳，里面的记忆完全没有。
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