9月，赛依德正式称汗，定都叶尔羌，建立了叶尔羌汗国。
随着东察合台汗国的衰微，叶尔羌汗国的势力渗入伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。
1516年，满速尔汗向赛依德称臣。
之后，赛依德相继征服了巴达克山和帕米尔高原南部的瓦罕地区，并一度深入到今巴基斯坦俾路支地区。
随后赛依德领兵进攻克什米尔，突入克什米尔腹地，并逼近克什米尔都城，但不久遭到当地军民的反抗。
1533年，赛依德撤军，病死在返回叶尔羌的途中，汗位的继承权引发统治阶级内部纷争。
汗国宰相阴谋篡权未遂，被赛依德汗的长子拉失德处死。
1533年，拉失德成为叶尔羌汗国的第二代汗。他是一个对文化活动相当重视的君主，叶尔羌汗国进入了文化繁荣期。
他在位期间，其妻子阿玛尼沙罕开始组编《木卡姆》，为后人留下了宝贵的文化财富。
1570年，热西德死后，其子阿不都克里木继位。
当东察合台汗国的沙汗战死后，阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域。
穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。
拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击。
1594年，阿不杜热依木在吐鲁番建立政权统辖东起哈密西至赛拉米（今拜城）之间的塔里木盆地的北缘地区。
并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服于他。
叶尔羌汗国开始分裂。之后，叶尔羌汗国的统治权又回到拉失德汗诸子手中。
新可汗是阿不都里提夫。叶尔羌汗国的衰败自此开始。他死后，其婿穆罕默德继位。
1627年，吐鲁番统治者阿不杜热依木之子阿不杜拉继位。
乘其兄弟争夺吐鲁番统治权之机，阿不杜拉带领叶尔羌汗国军队出兵吐鲁番，再次统一了叶尔羌汗国，并使哈密市臣