在赢得了橘子联盟胜利者杯后，小智他们决定在柑橘岛休息一晚上，第二天再回真新镇。
小智回到宝可梦中心后，重新交换了宝可梦，现在小智带的宝可梦是皮卡丘、吉利蛋、大钻角犀兽和拉普拉斯，其他的都传送回大木博士研究所了。
晚上，在小智他们都睡着的时候，突然有人叫醒了小智。
“超梦啊，怎么了？”小智揉了揉眼睛看着把自己叫醒的超梦问道。
“出来一下，有点事要告诉你。”超梦通过心灵感应对小智说道，小智也穿好衣服跟着超梦到了外面的草地上。
“什么事啊？”小智坐好后就问道。
“我感觉到了有几个强大的能量在那里。”超梦指着小智的腕表说道。
“强大的能量？”小智一边问着一边纳闷的点开了腕表，出现了虚拟的屏幕，“哪里啊？”小智一边翻着一边不解的继续说道。
“那里，我感到有好几个不比我弱的能量。”超梦指着屏幕上的‘宝可梦’一项说道，而超梦平时就是住在那里的。
“这是……。”小智疑惑的点开了‘宝可梦’那一项，出现在小智眼前的不再是只有超梦和一堆问号的黑影了，而是有好多的宝可梦。
“是我的宝可梦。”小智看到后大吃一惊，这都是之前他玩游戏的时候收服的宝可梦，好多都已经级满级了，有几只异色的宝可梦，而且还有传说中的宝可梦和幻之宝可梦，怪不得超梦说能量不输它。
当然后面的宝可梦蛋也都不再是黑影了，而且都是经过分类的，蛋壳也都变得和现实中的一样各有各的特点，而不是游戏中统一的huag色蛋了，小智可以很清楚的知道每一颗蛋孵化出来后的情况，这也给小智提供了便利。
小智小心的选择了一只宝可梦，手上多了一只精灵球，“出来吧，百变怪。”没错，小智拿出的是一只满级百变怪，而之所以拿这只是因为，小智有好多的宝可梦都是通过它来生蛋的。
“你好啊，百变怪。”小智高兴的和