“大唐科学院”这是一个新名词，与当下省、台、寺、监都不同。
唐朝的中央政府有三省（中书省、门下省、尚书省。）、二台（御史台与司天台。）、六部（吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部）、九寺（太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府）、五监（国子监、少府监、将作监、军器监、都水监）。
根据林毅的要求，大唐科学院不属于以上任何部门，独立。因为，林毅的重点是在“科学”二字上，如果隶属于某个部门，就摆脱不了政治，这是科学之大敌。
不参与朝廷事务，这也符合李世民的利益。所以，这一条很容易得到李世民的支持。
林毅未来之前，李世民与房玄龄和候君集商量准备给林毅正三品，正三品是尚书级的。但，房玄龄和候君集均觉得不妥。林毅没有经过科考，没有任何学位（秀才、举人、进士），一下封正三品，难以服众。
最后，在李世民的坚持下，封林毅为从三品，相当于国子监祭酒。也就是说，大唐科学院与国子监同级。
即使这样，房玄龄和候君集心里并不完全服气。国子监是何等重要的地方，那是培养国家精英的场所，那是千百年来，传统公认的神圣高贵之所。怎么一下子，林毅就要超越其上？这让两人、甚至于广大读书人都是难以接受的。
其实，有这样的想法也是正常的，多少年来的思维，不可能一下就能被颠覆。何况，房、候二人只是听李世民介绍了些情况，没有见识过真正的实物，没有一点感性认识。让谁也不可能相信和理解，包括李世民当时见到手雷时，不也是惊的瞪目结舌、心惊肉跳。
不管服不服气，碍于李世民的面子，最终还是达成了共识。
接着，便谈到了农业问题。
农业问题也是李世民重点关注的，是关乎到民之生存的大事、是国之长治久安的根本。
这部分比较直观，容易理解。由于农业需要赶季节，时间迫在眉睫，先要制造改进农具、育