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经过各方斡旋，陈琪美勉强坐上了上海都督的位置，由马汉龙当任任军务部长一职，钮永建为司令部部长，黄郛由于掏枪大闹会场，什么都没捞着，李平书为民政总长，伍廷芳为外交总长，陈晖祖为财政总长，王一亭为交通部长。
马汉龙当上军务部长之后，立即对上海所有部队进行整编，将光复会策反过来的清军两千多人整编成一个师，任命李燮和为团长兼任吴淞司令立即前往南京参加江浙联军，又将上海武装商团整编成一个师，任命李英石为师长长，并命他率部前往参加江浙联军准备北伐。又命刘福彪等人组织青帮人员，一共凑出三千余人，编成一个师，下辖三个团，任命同盟会成员张承槱当任师长率部北上参加江浙联军准备北伐，黄郛、刘福彪和蒋志清等分别当任团长。
马汉龙这样做也是为了妥协，毕竟在浙江光复时，同盟会方面没有捞到什么油水，蒋志清等人窝着一肚子火，陈琪美也多次向铁血救国党表示了不满，这也是为了平衡各方面的关系。
除了这三个师要北上参加江浙联军之外，马汉龙还以振华公司护卫队四千多人为基础编练出两个师，分别为沪军第一师和第二师，不足的兵员在上海滩进行招募。听说军政府为革命要招兵北上北伐，各界有志,青年纷纷报名参加，就连公共租界和法租界的大部分华人巡捕们听到这个消息都跑到华界来报名。
就因为马汉龙在上海滩招兵，眼看着公共租界和法租界的华人巡捕们几乎要跑光了，这可让公共租界和法租界当局极为不满。没有了华人巡捕，两个租界的巡捕房根本就玩不转。公共租界警务处和法租界警务处不得不将事情报上去让上头出面，事情最后闹到了英国驻沪总领事法磊士那里。法磊士立即出面找上海军政府都督陈琪美进行协商，陈琪美不想得罪洋人，只能让马汉龙停止招收华捕，马汉龙表示他可不能阻止那些华捕报名，他们都是自愿的，而且革命热情很高，他作为招兵的