C的矛盾之际，真正的冲突已经悄然转移到了军用科技集团和荒坂集团之间。2022年初，两家安保巨头间的新冲突已然开始，如今，这场战争被称为影子战争。这也标志着第四次企业战争进入了第二阶段。
影子战争阶段的冲突相比之前更加公开、残酷。雇佣兵与网行者们蜂拥到两家安保公司旗下，对敌方的军事与科研机构发动公开的军事行动与突袭。尽管冲突的本质是源于本能，但当公司与雇佣的网行者们向对手释放出新一代的毁灭性病毒时，网络上最为致命的战斗就打响了。其中一些代码甚至在创造者身故多年后仍在运行，在网络空间中留下了大片无法修补的黑暗区域。
2022年6月，军用科技集团与荒坂集团都认为无需再拘泥于外科手术式的小规模行动，冲突进入了第三阶段，热武器战争。两家公司间的冲突飞升为全面战争。部分城市，如里约热内卢惨遭夷为平地，城里的居民要么被杀，要么背井离乡成为难民。
全球贸易由于军事行动和市场崩溃而陷入瘫痪。国际贸易路线遭到了沉重打击，盗版横行，肆无忌惮。当现实中的冲突烈火燎原之时，网络监察也在尽力保护网络空间的安全。然而，由于全球服务器群组与数据库的损坏，加之数以千计的病毒破坏，于是，正如我们所知的那样，网络空间逐渐消亡了。
最终，世界各国厌倦了企业间的冲突。一些国家的政府开始公开指责军用科技集团和荒坂集团应为当前的形势负责，并且撤回了对两家公司的支持，同时对其将其本国的资产国有化。南加州自由州查封了两家公司位于洛杉矶的总部。德克萨斯州与一些欧洲国家也紧随其后，相继实施制裁行动。
位于夜之城的荒坂塔是荒坂集团在美总部中最后一个沦陷的。该塔被一枚由不明佣兵集团引爆的战术核武器抹去。有消息表明所谓的“亚特兰蒂斯集团”也牵涉其中，该集团的成员包括：已经成为都市传说的罗格、摩根·黑手以及强尼·银手，但并无足够的证据来确认该集团参与了此事。摩根与强尼在荒坂塔