年日军再次发动进攻，明神宗朱翊钧下石星等于狱，以邢玠为蓟辽总督，因李如松已经在与蒙古人的战争中战死，所以任命麻贵为备倭大将军，调蓟辽、宣府、大同、山西、陕西兵及福建、吴淞水兵援朝，又募川、汉兵等往援。次年二月，明军兵分四路，中路董一元、东路麻贵、西路刘綎、水路陈璘，分道向釜山挺进，陈璘与朝鲜水军将领李舜臣紧密配合，在海上追击敌人最精锐的小西行长所部。
八月，丰臣秀吉死，日军撤兵，明朝联军乘势进击，日军战败。但明军老将邓子龙也在与日军的露梁海之战中死亡。十一月，战争基本结束。主要战役有碧蹄馆战役，南平血战，釜山攻防战，露梁海战等等。
播州之役
播州位于四川、贵州、湖北间，山川险要，广袤千里。自唐杨端之后，杨氏世代统治此地，接受中央皇朝任命。
明初，杨铿内附，明任命其为播州宣慰司使。万历初，杨应龙为播州宣慰司使，骄横跋扈，作恶多端，并于万历十七年公开作乱。明廷对杨应龙之乱举棋不定，未采取有力对策。因此应龙本人一面向明朝佯称出人出钱以抵罪赎罪，一面又引苗兵攻入四川、贵州、湖广的数十个屯堡与城镇，搜戮居民，奸淫掳掠。
二十六年，四川巡抚谭希思于綦江、合江（今四川泸州东）设防。次年，贵州巡抚江东之令都司杨国柱率军三千进剿，失利，杨国柱被杀。明廷罢江东之，以郭子章代之。又起用前都御史李化龙兼兵部侍郎，节制川、湖、贵三省兵事，并调刘綎及麻贵、陈璘、董一元等南征。
二十八年，征兵大集，二月，在总督李化龙指挥下，明军分兵八路进发，每路约三万人。刘綎进兵綦江，连破楠木山、羊简台、三峒天险。又败应龙之子朝栋所统苗军。巾帼英雄秦良玉与其丈夫马千乘亦率兵攻下金筑等七寨，并偕同酉阳等土司军一起攻下桑木关为南川路战功第一。其他几路明军也取得胜利。三月底，刘綎攻占娄山关，四月，杨应龙率诸苗决死战，又败。綎进占杨应龙所依天险之地龙爪、海