忍者世界在暗月教覆灭后，迎来了短暂的宁静，然而这份宁静之下，实则暗流涌动。木叶村沉浸在胜利的喜悦之中，村民们对林羽、鸣人等英雄们充满了敬仰与感激，大街小巷都传颂着他们的英勇事迹。
但在那些曾被暗月教荼毒的偏远地区，情况却不容乐观。暗月教虽已覆灭，但其残余的邪恶思想和力量却如毒瘤般残留着。一些野心勃勃之人，利用当地百姓对未来的迷茫与恐惧，打着复兴暗月教理念的幌子，蛊惑众人，企图重新建立起一股黑暗势力。这些地区逐渐陷入混乱，盗匪横行，百姓生活苦不堪言。
与此同时，在遥远的东方国度，一股神秘势力悄然崛起。这股势力行事极为隐秘，他们的成员身着统一的灰色长袍，头戴兜帽，将面容隐藏在阴影之中。他们对林羽等人手中的神秘宝玉以及那股神秘力量产生了浓厚的兴趣，开始有条不紊地展开调查。
在木叶村，一些行踪诡异的陌生人逐渐引起了林羽等人的注意。这些人看似普通的商人或旅行者，但林羽凭借着敏锐的直觉，总觉得他们身上散发着一股不寻常的气息。犬冢牙的嗅觉也察觉到了这些人的异样，他们身上似乎混合着多种奇怪的气味，绝非普通村民所有。
一天，林羽在村子的集市中偶然碰到一个兜帽遮面的人。此人在路过林羽身边时，故意撞了他一下，试图偷走他腰间佩戴的神秘宝玉。林羽反应迅速，一把抓住那人的手。“你是什么人？想干什么！”林羽怒目而视。
那人见状，试图挣脱林羽的束缚，同时从袖口中抽出一把短刃，刺向林羽。林羽侧身一闪，轻松避开攻击，反手一个擒拿，将那人制服。然而，当他试图揭开那人的兜帽时，那人却咬碎了口中的毒药，瞬间气绝身亡。
“可恶！”林羽看着死去的刺客，心中明白，这背后一定隐藏着更大的阴谋。回到家中，林羽将此事告知了鸣人、佐助等人。
“看来我们又有新的麻烦了，这些人到底是什么来历？为什么对神秘宝玉感兴趣？”鸣人皱着眉头说道。