理由就太简单了，东林诸大臣虑福王立，或追怨“妖书”及“挺击”、“移宫”等案；潞王立，则无后患。钱谦益做背后推手，兵部侍郎吕大器站出来打擂台，右都御史张慎言、詹事姜曰广随声附和。前山东按察使佥事雷縯祚、礼部员外郎周镳往来游说。
两派人争执不休，但国不可一日无君啊。于是乎某一天，史可法偷偷约见马士英，在浦口与之密谈。两人很快达成了一致意见，秘密商定出一个两不得罪的折中方案，即放弃福王和潞王，拥立桂王朱常瀛。史可法遂于到达浦口的第二天，写信回南京，提出了拥立桂王，同时由潞王仿照古兵马元帅之制暂时统率兵马的方案。
盘踞在南京的东林势力，其实只要不是福王朱由崧继位，无论选谁都是不会有意见的，所以他们一接到史可法的方案，礼部就马上准备了各种仪仗，打算出发去广西接桂王到南京继位。
有句话叫人算不如天算，谁也没有想到，那个窝囊废大胖子朱由菘骤然就聪明了一回。这厮居然懂得枪杆子里出政权，眼瞅着马士英与史可法两派人都不搭理自己，他可急了眼。干脆直接休书一封，允诺种种好处给四镇总兵。
这一招还真走对了，四镇总兵本就是兵痞军阀，有如此一本万利的买卖怎会放过？于是几方一拍即合，四镇起兵拥着还是福王的朱由菘浩浩荡荡朝着南京而去。
形式急转直下，瞅着自己手下玩儿了手既成事实，马士英只得跑到朱由菘面前表态效忠。要说马士英这人遍历封疆，务实有才干。虽然不是什么奇才，但在明末士大夫们普遍无能的情况下，他也算拔尖的一号了。当时情况已经是如此，他马士英不得不同意四镇所请。要是不同意，人家干脆就造反了！
到时候什么朝廷什么东林党，连他马士英都得脑袋搬家。妥协下来，安抚住四镇，尚且有缓和余地不是？
但马士英的举动算是彻底触怒了东林君子，他们不管事实是怎么样，只看结果……结果是马士英成了首辅，然后东林君子们便理所应当地认为这事儿